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Se erigió en departamento el 8 de mayo de 1866, En la "Demarcación Política de la República de Guatemala", Oficina de Estadística, 1892, aparece que tiene categoría de ciudad; sin embargo, el acuerdo gubernativo del 26 de julio de 1957 especifica que las cabeceras departamentales de primera categoría tienen categoría de ciudad.

Fue creado como Departamento por el acuerdo que dice: "Palacio de Gobierno: Guatemala, mayo 8 de 1866. Habiendo tomado en consideración la solicitud hecha por la Municipalidad de San Marcos para que el distrito de este nombre fuese elevado a rango de Departamento: atendiendo a que el nombre del distrito que llevan hasta el día de hoy algunas de las divisiones territoriales de la República tuvo su origen en un sistema que ya no existe; y - Considerando asimismo, que el régimen político, militar, judicial y económico es actualmente uniforme en la República, -El Presidente, -En uso de las facultades que le da el Decreto de 9 de septiembre de 1839, tiene a bien Acordar: -Que los territorios de San Marcos, Huehuetenango, Petén, Izabal y Amatitlán, que han conservado la denominación de distritos, se le dé en lo sucesivo la de Departamentos, debiendo en consecuencia sus autoridades tomar las mismas denominaciones de que usan las de los otros departamentos de la República, sin que ninguno de ellos conserve dependencia de otro en su régimen político y administrativo. -Comuníquese a quien corresponde y publíquese en la Gaceta Oficial".

El obispado de San Marcos, erigido el 10 marzo 1950, abarca todo el departamento. Sede: Ciudad de San Marcos. Su templo está consagrado a San Marcos Evangelista, de donde el departamento tomó su nombre por haber sido puesto bajo su advocación.